Der Name der Stadt wurde vom Fluss abgeleitet, an dessen Ufern sie liegt. Die heutige Isnyer Aach wurde in einer Urkunde aus dem Jahr 1171 als fluvio hisinina erwähnt, 1643 in Merians Topographia Sueviae als Ysne. Die Wurzel is- bedeutet sich schnell bewegen und taucht in den Namen vieler Fließgewässer, wie Isar, Isère oder Iser auf.❬ref❭❬/ref❭